虽然流派不同，忍者们修练的经典都是《万川集海》这本书，这本书的内容就是教导忍者如何施行忍术的一切理论基础与技能指导。
在德川家族第四代将军德川家纲时代的延宝4年（1676年），甲贺的隐士藤林保武结合中国和日本历代名将的思想与武学精华，参照《六韬》和《孙子兵法》的内容写成了集忍道、忍术、忍器于一体的忍者究极修行指南。
并参照中国古籍《文选?左思?吴都赋》中的“百川派别，归海而汇”思想，将书命名为《万川集海》。正如书名所示《万川集海》就是海纳百川洒流派精髓的意思。
《万川集海》由正心、将知、阴忍、阳忍、天时、忍器六部分组成。此书成为了后来忍者修行的必读教材。
《六韬》和《孙子兵法》是对《万川集海》及忍术整体发展影响较深的两部古代著作，由此也可以看出，这些中国古代的军事武学思想为以后日本忍术的发展壮大奠定了充实的理论基础，这是忍术最早的确源于中国的明证，可以说《万川集海》是日本人学习中国古代军事精华和密术玄学修炼之道后的概括总结。
忍术是由忍者的家族世代相传的，在各流派中，有的有森严的等级。
最高地位的忍者称“上忍”，统帅一个派别或充当一方的霸主。
在他的属下有很多的“中忍”，每个中忍管理一个由三四十名“下忍”组成的小团体。
中忍负责将上忍的命令传达下去，将下忍的情况向上忍汇报，起到桥梁的作用。
下忍是忍者中最底层的人员，专门执行任务。
忍者这种超人的本领是从小经过艰苦的特殊训练获得的。
忍者家庭的孝不论男女，都必须继承祖先的职业传统，一般从五岁开始就接受训练。
训练的种类有五种，即平衡、灵敏、力量、持久及特殊技巧。
平衡训练从走竹竿开始，当能够在滚圆的竹竿上行走而不滑下，就将竹竿逐渐升高，最终要升到三四十尺高，达到奔跑跳跃如履平地的境界，这样就能在树上、屋顶及墙头上下攀援，行走如飞。
持久及力量的训练最为艰苦，如双手挂在树上，支持全身，下面放满暗器，不容你松手跳下，以恐惧来激发体内的潜能作长久的支持。长跑更是忍者的基本功，要求连续跑上五十公里路而不停下来休息，日行百里是家常便饭。
至于特殊技巧训练就更令人吃惊了，除了上述说过的，还有徒手搏斗，投毒解毒等。
化装术更是忍者的特长，他们能制造人皮假脸，改换性别。
有人做过一个试验，让一个忍者在人群中穿行，由几个人在一旁辨认，结果各人所见都不相同，高矮胖瘦，不一而足，忍者真可为“千面人”。
还有隐匿术，忍者在光天化日之下突然消失就是一种，那个忍者在林中事先挖好一个地洞，洞里铺上草灰，洞外盖上枯草，当他窜入小树林后，一跃遁入地洞，无声无息。追捕者失去目标，还以为真有“隐身术”呢。
忍者们干出的离奇惊险、令人咋舌的事件举不胜举，熊野寺秘籍被毁一事，可窥一斑。